Le processus de développement d'une hiérarchie de système de fichiers standard a débuté en août 1993 dans un effort de restructuration de la structure de fichiers et de répertoires de Linux. La FSSTND, norme pour une hiérarchie du système de fichiers spécifique au système d'exploitation Linux, est sortie le 14 février 1994. Des versions successives sont sorties le 9 octobre 1994 et le 28 mars 1995.
Au début de 1995, avec l'aide de membres de la communauté de développement BSD, il a été décidé de développer une version de FSSTND plus complète pour englober non seulement Linux mais aussi les autres systèmes de type UNIX. En définitive, nous avons fait un effort concerté pour nous concentrer sur des problèmes généraux aux systèmes de type UNIX. En reconnaissance de cette ouverture, le nom de la norme a été modifié pour devenir Norme de hiérarchie du système de fichiers ou FHS en abrégé. (NDT : en anglais, FHS veut dire Filesystem Hierarchy Standard.)
Les volontaires qui ont contribué activement à cette norme se trouvent à la fin de ce document. Cette norme représente un consensus entre les points de vue de ceux-ci et d'autres contributeurs.
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