/etc/X11 est l'emplacement recommandé pour toute configuration X11 spécifique à la machine. Ce répertoire est nécessaire pour permettre un contrôle local si /usr est monté en lecture seule. Les fichiers qui devraient être dans ce répertoire comprennent Xconfig (et/ou XF86Config) et Xmodmap.
Les sous-répertoires de /etc/X11 peuvent inclure ceux pour xdm et pour tout autre programme (certains gestionnaires de fenêtres, par exemple) qui en a besoin. Nous recommandons que les gestionnaires de fenêtres qui n'ont qu'un fichier de configuration par défaut .*wmrc le nomment system.*wmrc (sauf s'il existe un nom de rechange largement reconnu) et n'utilisent pas de sous-répertoire. Tout sous-répertoire de gestionnaire de fenêtres devrait être nommé du même nom que le binaire réel du gestionnaire de fenêtres.
/etc/X11/xdm contient les fichiers de configuration pour xdm. Ce sont la plupart des fichiers que l'on trouve habituellement dans /usr/lib/X11/xdm. Certaines données variables et locales pour xdm sont stockées dans /var/state/xdm.