/usr est la deuxième grande partie du système de fichiers. /usr contient des données partageables, en lecture seule. Ceci veut dire qu'on devrait pouvoir partager /usr entre plusieurs machines diverses se conformant à FHS et on ne devrait pas y écrire. Toute information spécifique à la machine ou qui varie avec le temps est stockée autre part.
Aucun grand paquetage logiciel ne devrait utiliser un sous-répertoire direct sous la hiérarchie /usr. Exception est faite du système X Window à cause d'un énorme précédent et d'une pratique largement suivie. Cette section de la norme spécifie l'emplacement de la plupart de ces paquetages.
Figure 4.1
Les liens symboliques vers les répertoires suivants peuvent être présents. Cette possibilité est basée sur le besoin de préserver la compatibilité avec les vieux systèmes jusqu'à ce qu'on soit sûr que toutes les implémentations utilisent la hiérarchie /var.
Une fois qu'un système n'a plus besoin de l'un des liens symboliques ci-dessus, le lien peut être enlevé si désiré.