Cette disquette permet de "démarrer" (Boot) votre système. Elle contient l'image du noyau Linux, spécialement configuré pour exécuter en mémoire une version du système (cf. CD Khéops, dossier /docs.fr/HOWTO, fichier Boot-disk-HOWTO, pour plus d'informations).
Il y a deux catégories de disquettes de BOOT, celles qui supportent les contrôleurs de type SCSI et celles qui supportent les contrôleurs IDE. Les images disquettes qui ne supportent que le type IDE ont une extension .I et celles qui possèdent les deux types de support ont une extension .S, notez que toutes les images de BOOT des disquettes de la distribution Kheops supportent le type IDE (et incluent aussi les lecteurs CDROM de type IDE/ATAPI).