X11R6 est considéré comme une mise à jour de X11R5, les librairies partagées de XFree86 3.1 (et versions suivantes) ne sont pas compatibles avec XFree86 2.1.1 (et versions précédentes). Pour continuer à exécuter des applications X11R5, vous devez conserver les anciennes librairies sur votre machine. Elles peuvent être déplacées par exemple dans /usr/X386/lib, mais /etc/ld.so.conf doit être mis à jour. Toutes les applications X11R5 doivent fonctionner sans problème avec les serveurs X11R6.
X11R6.1 est une autre mise à jour de X11R6. Certaines librairies ont été modifiées, mais les applications X11R6 seront compatibles.
Vos vieux binaires (liés aux librairies de XFree86-1.2, XFree86-1.3 ou XFree86-2.0) continueront à fonctionner, mais vous devez créer un lien symbolique de /lib/libX{11,t,aw}.so.3 vers /usr/X386/lib/libX{11,t,aw}.so.3. Avec la distribution XView3L5 vous rencontrerez des problèmes avec les versions 1.3 et précédentes de ld.so, les librairies de XView contiennent le chemin absolu des images partagées. Pour régler ce problème temporairement (/) est inclus dans /etc/ld.so.config, il est recommandé de recompiler XView avec les noms de librairies relatifs ou de se procurer une nouvelle version de ld.so.