Depuis la version 3.0, XFree86 est installé dans /usr/X11R6. Si vous n'avez pas assez d'espace disque pour X11R5 et X11R6, il faudra supprimer certaines parties inutiles de X11R5. En particulier, les polices et les vieux binaires X11R5 peuvent être supprimés. Vous devez par contre conserver les librairies partagées.
Chaque distribution de XFree86 3.X contient une documentation relative à l'installation. Consultez ce document.